SDA još 1990. godine krenula sa naoružavanjem paravojnih jedinica
- Ustavna komisija SRBiH usvojila je 31. jula 1990. amandmane 59–80 na Ustav SRBiH, koji su u svojoj cjelini predstavljali važnu ustavnu reformu u pravnom okviru SFRЈ. Tačka sedam Amandmana 69 izričito je isključila `sve aktivnosti koje imaju za cilj ugrožavanje teritorijalnog integriteta SFRЈ`. Ova odredba bila je u saglasnosti sa Ustavom SFRЈ - navedeno je u Izvještaju, čije dijelove prenosi Srna.
Prema bošnjačkim izvorima, stanovništvo bosanskih Muslimana u gradovima doline Drine počelo je sa nabavkom oružja i stvaranjem paravojnih oružanih jedinica već 1990. godine, a prva paravojna jedinica SDA formirana je 2. avgusta 1990. u malom gradu Ustikolina u dolini rijeke Drine u istočnoj Bosni, navedeno je u Izvještaju, čije dijelove prenosi Srna.
U isto vrijeme oformile su se i nelegalne muslimanske oružane jedinice u Zvorniku, Bijeljini, Bratuncu, Srebrenici i Vlasenici.
Sredinom marta 1991. godine, Glavni odbor SDA uputio je direktivu lokalnim ćelijama stranke u svim opštinama, naređujući im da započnu proces stvaranja vojnih jedinica pod zajedničkim nazivom "Patriotska liga", tako da se 31. mart 1991. smatra formalnim datumom stvaranja "Patriotske lige", jer se tog dana u sarajevskom kvartu Soukbunar održao prvi tajni sastanak organizacije.
SDA je 10. juna 1991. godine održala Kongres Muslimana u Sarajevu, kom je prisustvovalo skoro 400 delegata iz cijele SFRЈ, a Kongres je osnovalo "Vijeće za nacionalnu zaštitu muslimanskog naroda", a koji je usvojio Rezoluciju 84, kojom se Muslimani u BiH pozivaju da stvore vlastitu vojsku i započnu pripreme za rat.
Kao načelnik logističkog centra ARBiH, a potom i ministar odbrane BiH Hasan Čengić izjavio je da je odlučeno da se kroz strukturu SDA formira "Patriotska liga", jer je to bila jedina stranka na koju su se mogli osloniti.
- Glavna ideja bila je jednostavna - trebalo bi da imamo vojnu organizaciju koja bi, u slučaju ozbiljnog vojnog napada, postala okosnica ukupne nacionalne i patriotske mobilizacije - rekao je Čengić.
Političko krilo "Patriotske lige" činili su istaknuti funkcioneri SDA – predsjednik stranke Alija Izetbegović, koji je bio glavni organizator i idejni vođa ove paravojne formacije, te Omer Behmen, Rusmir Mahmutćehajić i Nasih Rašidagić.
Izetbegović je lično vodio proces formiranja "Patriotske lige", uz podršku hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana.
U vojnom krilu "Patriotske lige" učestvovali su bivši oficiri ЈNA muslimanske nacionalnosti koji su je napustili - potpukovnik Meho Karišnik, major Sefer Halilović koji je bio njen komandant, major Vahid Karavelić, potpukovnik Sulejman Vranj, potpukovnik Nedžad Ajnadžić, kapetan korvete Mustafa Hajrulahović, zvani Talijan.
Štab sarajevske "Patriotske lige" bio je sastavljen isključivo od čelnika opštinskih organizacija SDA.
Iz Pala to su bili Šerif Bečić, Munir Radača i Kemo Hrvoje, iz Starog Grada Mehmed Skaka i Faris Fočo, iz opštine Centar Mirsad Trnka i Amir Oruč, iz Novog Sarajeva Ahmed Isaković, iz Ilidže Said Memić, iz Hadžića Mustafa Delilović i Muris Ibrica, iz Vogošće Haris Trnka, a šef štaba sarajevske "Patriotske lige" bio je Nihad Halilbegović, predsjednik sarajevske SDA i bliski saradnik Izetbegovića.
SDA je stvorila neustavne paravojne oružane snage kada je SR BiH još bila konstitutivna republika SFRЈ, a jedine legalne vojne formacije na teritoriji RBiH bile su ЈNA i TO, tako da je odluka o stvaranju "Patriotske lige", koja je djelovala u tajnosti, predstavljala veliki korak ka rastavljanju pravnog sistema SR BiH.
SDA je poslala svoje članove na vojnu obuku u Hrvatsku, a nju je organizovalo Ministarstvo unutrašnjih poslova Hrvatske.
Početkom septembra 1991. godine "Patriotska liga" je započela organizovanje svog osoblja i bataljona na opštinskom nivou i krenula u proces prikrivene mobilizacije, a Izetbegović je lično vodio proces stvaranja muslimanskih paravojnih formacija.
Početkom 1992. godine, "Patriotska liga" je bila organizacija sa Glavnim štabom, devet regionalnih štabova, 102 opštinska štaba i brojnim terenskim jedinicama, regionalna sjedišta formirana su u Bihaću, Prijedoru, Livnu, Doboju, Tuzli, Zenici, Sarajevu, Goraždu i Mostaru.
Njihova veličina kretala se od voda do brigade, dok je ukupna snaga "Patriotske lige" dostigla 120.000 ljudi.
Prve strateški važne isporuke oružja počele su 20. juna 1991. godine, kada je Bugarska uputila pošiljku od 5.000 automatskih pušaka, protivtenkovskog oružja i municije u vrijednosti od 4,3 miliona dolara u Hrvatsku i Bosnu preko bugarske državne kompanije "Kinteks".
Ministar unutrašnjih poslova RBiH Alija Delimustafić tajno je izmještao MUP-ova skladišta oružja i municije iz područja u kojima dominiraju Srbi u ona gdje dominiraju Muslimani.
Prema riječima delegata SDA u Parlamentu RBiH Ibrana Mustafića, jedinice "Patriotske lige" u Srebrenici u aprilu 1992. godine imale su oko 2.000 automatskih pušaka, minobacača i protivavionskih topova 30 milimetara.
Izetbegović je 2. decembra 1991. godine održao sastanak sa Seferom Halilovićem i njegovim oficirima u Hrasnici, kada je odobrio Halilovićev plan da se sprovede prikrivena mobilizacija i mobiliše 250.000 muškaraca.
Istovremeno sa stvaranjem "Patriotske lige", stvorena je još jedna mreža paravojnih organizacija bosanskih Muslimana koja je bila poznata pod nazivom "Zelene beretke".
Konačni izvještaj eksperata Komisije UN opisuje "Zelene beretke" kao "jedinice koje mogu imati različita imena, ali se obično identifikuju kao `Zelene beretke`", te da se činilo da su dobro naoružane kao i da su "bile aktivne u najmanje 17 okruga širom BiH".
Početkom rata, u aprilu 1992. godine, snaga "`Zelenih beretki` iznosila je do 40.000 muškaraca, dok je u Višegradu ova jedinica, pod komandom lokalnog funkcionera SDA Murata Šibanovića imala snagu od oko 500 ljudi i bila je dobro nnaoružana".
U Konačnom izvještaju Komisije UN naglašeno je da su "`Zelene beretke` umiješane u ubijanje civila, silovanja i rad zatvorskih logora u kojima su civili protivzakonito zatvarani, a ponekad i mučeni i ubijani".